Pedidos manuais são aqueles adicionados diretamente pelo painel do WordPress, manualmente, e não no fluxo padrão do checkout.
Ao fazer isso, o WooCommerce não irá reduzir automaticamente a quantidade de produtos em estoque – e nem aumentar o estoque em caso de cancelamento.
É um processo manual. Primeiro, seleciona-se a linha do produto e só então é possível reduzir o estoque. Se você adiciona muitos pedidos ao dia ou com muitos itens, é bem trabalhoso. Além disso, sempre é possível esquecer-se de reduzir o estoque.

Reduzir o estoque manualmente é chato, né?
Mas, além disso, ao fazer uma edição em massa no WooCommerce o estoque dos produtos também não será alterado.
Eu estava com essa demanda em um projeto e iria desenvolver algo personalizado. Mas encontrei um plugin que faz exatamente isso, chama-se Reduce stock of manual orders for WooCommerce e foi desenvolvido pelo Claudio Sanches.
Funciona muito bem e é super fácil de instalar.
Ele não está disponível no diretório oficial do WordPress, mas basta baixá-lo no GitHub e, depois, fazer upload no painel do WordPress.
Fácil, né?